Az az időtartam, ami alatt az adott mikroorganizmus a számára szelektíven előállíott táptalaj felületén kifejlődik. Az inkubációs idő mikroorganizmusonként eltérő, amelyet befolyásol az inkubációs hőmérséklet. Az inkubációs paramétereket (pl táptalaj, hőmérsékelt) mindig az adott mikroorganizmus optimális életkröülményeinek megfelelően állítjuk be. A táptalaj tartalmazza mindazokat a vegyületeket, amelyek a baktériumok szaporodásához szükségesek. A tenyészetek inkubálása a Petri-csészében lévő, leoltott táptalajokat olyan speciális szekrényekbe, inkubátorokba teszik, amelyek folyamatosan biztosítják a baktériumok növekedéséhez és szaporodásához a megfelelő, optimális hőmérsékletet, és szükség esetén a speciális gázösszetételt. A tenyészeteket általában 24 óra múlva nézik meg és ha szükségesnek tartják, még visszateszik az inkubátorba.